De ce fait, on va faire en sorte de retirer le droit d'exécution à tous, et de retirer le droit de lecture au reste du monde.
Les commandes

# $USER devient propriétaire et le groupe www-data devient groupe prorpiétaire
sudo chown -R $USER:www-data /var/www/html

# le propriétaire peut lire et écrire, le groupe peut lire, et le monde ne peut plus rien faire dans ce dossier
sudo chmod -R u=rwX,g=rx,o= /var/www/html

Après, il suffit d'ajouter au cas par cas les droits d'écriture à notre serveur web sur les sous-dossiers le nécessitant. Exemple :

sudo chmod -R g+w /var/www/html/sous/dossier