Ceci est dû au fait que l'interface n'est pas lancée comme un démon.

Pour résoudre ce problème, il faut aller dans Outils/Préférences.
Une fois la fenêtre ouverte, il faut afficher les paramètres avancés en cliquant sur la case "Afficher les paramètres . Tous", en bas à gauche.
Une fois les paramètres avancés affichés, il faut se rendre sur le menu interface (à gauche) et sélectionner, dans les options à droite Paramètres des interfaces principales, l'entrée Fonctionner en tant que démon.

Enregistrer et éventuellement, relancer vlc qui ne devrait s'ouvrir que dans une seule fenêtre.