Quand les fichiers d'une applications sont considérés comme des archives par le mimetype, c'est le gestionnaire d'archives qui est paramétré pour les ouvrir.

Pour que ce soit l'application voulue qui s'ouvre, il faut déterminer un nouveau mimetype et mettre les base de données à jour.

Voici la marche à suivre :

From Archlinux default applications:

Create your xml file in ~/.local/share/mime/packages (I guess that /usr/share/mime/packages is also fine, but didn't test it)

    mkdir -p ~/.local/share/mime/packages
    touch ~/.local/share/mime/packages/application-alpha.xml

Edit application-alpha.xml :

    <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
    <mime-info xmlns="<a href="http://www.freedesktop.org/standards/shared-mime-info"&gt">http://www.freedesktop.org/standards/shared-mime-info"&gt</a>;
        <mime-type type="application/alpha">
            <comment>alpha file</comment>
            <glob-deleteall/>
            <glob pattern="*.alpha"/>
        </mime-type>
    </mime-info>

Now create the desktop file ~/.local/share/applications/alpha.desktop :

    [Desktop Entry]
    Name=Alpha
    Exec=/PATH/TO/YOUR/alpha
    MimeType=application/alpha
    Terminal=false
    Type=Application

add the right exec path to your alpha application, and if this a console app change Terminal to true.

Now update the applications and mime database with :

    update-desktop-database ~/.local/share/applications
    update-mime-database    ~/.local/share/mime

Now if you double click your abc.alpha file /PATH/TO/YOUR/alpha app should open your file.